Eugeniusz Kwiatkowski urodził się 30 grudnia 1888 roku w Krakowie. Kształcił się najpierw w lwowskim Gimnazjum Franciszka Józefa, skąd przeniósł się do Gimnazjum Ojców Jezuitów w Bąkowicach, gdzie w 1907 roku zdał egzamin maturalny. Początkowo studiował na Wydziale Chemii Technicznej Politechniki Lwowskiej, a następnie na uniwersytecie w Monachium. W czasie studiów był członkiem młodzieżowych organizacji niepodległościowych „Zet” i „Zarzewie” oraz Polskich Drużyn Strzeleckich. Podczas I wojny żołnierz Legionów Polskich i współpracownik Polskiej Organizacji Wojskowej. W czasie wojny polsko-bolszewickiej 1920 roku zatrudniono go w sekcji chemicznej Głównego Urzędu Zaopatrzenia Armii przy Ministerstwie Spraw Wojskowych. W roku 1921 opuścił wojsko i zaczął wykładać na Wydziale Chemicznym Politechniki Warszawskiej. Dwa lata później objął funkcję dyrektora technicznego chorzowskiej Państwowej Fabryki Związków Azotowych. Karierę polityczną rozpoczął po przewrocie majowym 1926 roku, kiedy premier Kazimierz Bartel powierzył mu stanowisko ministra przemysłu i handlu. Pełniąc tę funkcję przyczynił się do powstania i zrealizowania pomysłu budowy portu w Gdyni. W 1935 roku objął tekę wicepremiera i ministra skarbu w gabinetach Mariana Zyndrama-Kościałkowskiego i Felicjana Sławoja Składkowskiego. Kwiatkowski patronował wówczas idei utworzenia Centralnego Okręgu Przemysłowego oraz koncepcji rozbudowy infrastruktury, obronności i przemysłu. Po wybuchu II wojny światowej i wkroczeniu do kraju Niemców, a później Sowietów, wraz z rządem przekroczył granicę z Rumunią, gdzie został internowany. Po zakończeniu działań zbrojnych powrócił do Polski i przyjął funkcję kierownika Delegatury Rządu ds. Odbudowy Wybrzeża oraz przewodniczącego Komisji Planu Rozbudowy Trójmiasta. Z powodu konfliktów z władzami komunistycznymi odsunięto go jednak od działalności państwowej. Przeprowadził się wówczas do Krakowa i zajął działalnością naukową. Wykładał historię gospodarczą świata w Wyższej Szkole Handlu Morskiego w Gdyni i na Uniwersytecie Jagiellońskim. W 1973 roku recenzował koncepcję budowy Portu Północnego, zaś rok później uhonorowano go doktoratem honoris causa Uniwersytetu Gdańskiego za wkład w rozwój polskiej gospodarki morskiej oraz ogólnej teorii ekonomii. Zmarł 22 sierpnia 1974 roku w Krakowie.