Włodzimierz Zagórski urodził się 21 lipca 1882 r. we francuskim Saint Martin Lantosque. Ukończył Wojskową Akademię Techniczną w Wiedniu, a następnie Akademię Sztabu Generalnego. W armii austro-węgierskiej pełnił funkcje sztabowe i wywiadowcze. Po wybuchu I wojny światowej był szefem sztabu Komendy Legionów Polskich, a później dowódcą pułków piechoty i artylerii. Po kryzysie przysięgowym trafił do niewoli, ale w październiku 1918 r. został uwolniony.
Jesienią 1918 r. wstąpił do Wojska Polskiego. W czasie wojny polsko-bolszewickiej dowodził Dywizją Ochotniczą i 4. Dywizją Piechoty. W 1921 r. przeszedł w stan spoczynku, lecz w 1923 r. wrócił do służby jako szef Biura, a później Departamentu Przemysłu Wojennego. W 1924 r. awansował na generała brygady i objął kierownictwo Departamentu IV Żeglugi Powietrznej. Choć nie miał doświadczenia w lotnictwie, nadzorował zakupy sprzętu we Francji – wiele maszyn okazało się jednak bezużytecznych.
Od 1925 r. stał się celem kampanii prasowej środowiska związanego z marsz. Piłsudskim. Zarzucano mu działalność antypolską i niegospodarność. W maju 1926 r. został odwołany, lecz powrócił na stanowisko tuż przed przewrotem majowym. Dowodził wówczas obroną lotniska mokotowskiego. Po przegranej został internowany i osadzony w Wilnie. Choć nie postawiono mu oficjalnych zarzutów, pozostał w dyspozycji sądu.
7 sierpnia 1927 r. zaginął w tajemniczych okolicznościach. Oficjalnie uznany za zaginionego, prawdopodobnie został zamordowany.
