Urodził się 4 maja 1915 w Gorzycach pod Czempiniem. Od młodych lat należał do harcerstwa, w którym był drużynowym 21. Poznańskiej Drużyny Harcerzy im. Tadeusza Reytana. Z chwilą wybuchu wojny pracował w Pogotowiu Harcerzy w Poznaniu. Wraz z Franciszkiem Firlikiem, m.in. kierował akcjami przeciwpożarowymi i zabezpieczał urzędy państwowe. Po ewakuacji wojska i władz z miasta, przedostał się 8 września 1939 do Warszawy i razem z wielkopolskimi instruktorami zorganizował Pogotowie Harcerzy, po czym został mianowany jego komendantem. Tuż przed kapitulacją stolicy, 27 września 1939, otrzymał nominację na naczelnika Szarych Szeregów i był nim aż do aresztowania. Pod koniec września 1939 roku wziął udział w spotkaniu instruktorów harcerskich, na którym postanowiono o przejściu harcerstwa do podziemia. W marcu 1943 brał udział w przygotowaniach odbicia z rąk Gestapo Janka Bytnara „Rudego”. 6 maja 1943, po wpadce Wielkopolskiej Chorągwi Harcerzy, został aresztowany w Warszawie przez funkcjonariuszy poznańskiego Gestapo. Podczas przesłuchań na Alei Szucha nie wydał swoich współpracowników. W czasie transportu do Poznania Florian usiłował uciec, skacząc z pędzącego samochodu w okolicach Sochaczewa jednakże bez powodzenia. Straszliwie zmaltretowany został umieszczony w osławionej katowni poznańskiej – Forcie VII w celi nr 66. W celu odbicia Floriana zostało powołane stowarzyszenie „Białej Róży”, w którego skład weszli, m.in. Stanisław Broniewski ps. „Orsza”, Eugeniusz Stasiecki ps. „Piotr”, Edward Zürn ps. „Jacek”, Tadeusz Zawadzki ps. „Zośka” oraz specjalnie dobrany oddział z Grup Szturmowych. Harcerzom nie udało się odbić swojego przywódcy, 18 lutego 1944 Florian Marciniak został wywieziony do obozu w Żabikowie pod Poznaniem, następnie do obozu koncentracyjnego w Gross-Rosen, w którym prawdopodobnie dnia 20 lutego 1944 roku został zamordowany. Ciała nigdy nie odnaleziono. We wrześniu 2010 roku do Krypty Zasłużonych Wielkopolan w kościele św. Wojciecha w Poznaniu, złożono urnę z ziemią, na której został zamordowany.
